Gli attacchi di amplificazione NTP sfruttano la funzione di query "monlist"; gli aggressori utilizzano questa funzionalità per inviare richieste con indirizzi IP di origine falsificati, facendo sì che la destinazione riceva un volume enorme di pacchetti UDP-con fattori di amplificazione del traffico che raggiungono da 100 a 200 volte la dimensione della richiesta originale. Le misure di mitigazione includono l'aggiornamento del servizio NTP alla versione "ntpd 4.2.7p26" o successiva (che disabilita "monlist" per impostazione predefinita), l'aggiunta delle opzioni "limita... noquery" o "disabilita monitor" al file di configurazione "ntp.conf" e la limitazione della porta UDP 123 tramite policy ACL del dispositivo di rete.
Per garantire il funzionamento stabile e a lungo termine dei server di riferimento temporale, sono necessari test sistematici di prestazioni e affidabilità; il framework di test comprende in genere la preparazione pre-del test, test delle prestazioni principali, test di affidabilità e analisi e verifica dei dati.
Le raccomandazioni operative includono la garanzia di un ambiente ottimale per la ricezione del segnale satellitare, la definizione di procedure di monitoraggio standardizzate per monitorare continuamente lo stato della sincronizzazione temporale, la formulazione di piani di ridondanza e di contingenza per le fonti orarie per gestire i guasti delle fonti primarie e la conduzione di calibrazioni e verifiche periodiche delle prestazioni.
I moderni time server incorporano funzionalità di sicurezza di rete come l'autenticazione della password, la protezione firewall, la difesa dal SYN-flood, la comunicazione crittografata e il monitoraggio del battito cardiaco e possiedono certificazioni di conformità come la certificazione del sistema di gestione della qualità ISO 9001.